文献信息
一图不看也要知道的几件事
- MES 把电化学与微生物代谢接在一起:电极经 EET 向细胞提供电子(或充当电子汇),把还原当量以 NAD(P)H/NAD(P)⁺ 的形式补足,从而驱动那些在纯生物体系里因辅因子氧化还原失衡而难以高效运行的合成路径。
- EET 分直接电子传递(DET)与间接电子传递(IET)两类:DET 依赖导电菌毛/纳米线与孔蛋白—细胞色素复合体(如 MtrCAB),典型菌为 Geobacter sulfurreducens 与 Shewanella oneidensis;IET 依赖 H₂、黄素、吩嗪等氧化还原活性小分子穿梭。合成生物学的作用是双向的——既增强天然电活性微生物(EAM)的 EET,也把 EET 装置移植进非电活性宿主(如把 S. oneidensis 的完整电子传递系统装入大肠杆菌)。
- 废弃有机底物增值方面的代表性成果:S. oneidensis 以乳酸产异丁醇达 1321.5 mg/L(理论产率 94.9%,采用两阶段电发酵 + NADH 生物传感器 + CRISPRi 抑制副产物路径)、以甘油产 (R)-乙偶姻 313.61 mg/L;工程大肠杆菌以甘油产异丁醇与 3-甲基丁醇合计 232 mg/L(比用葡萄糖高 25%);中性红/HNQ 介导下大肠杆菌的 1,3-丙二醇提高 2.5 倍至 15.5 mM,并可在正电位下产 3-羟基丙酸 10.9 mM。
- 碳捕集方面:H₂ 介导 IET 的 Cupriavidus necator 产 α-葎草烯 10.8 mg/L、以电厂尾气 CO₂ 产番茄红素 1.73 mg/L;PSII 失活的 Synechocystis sp. PCC 6803 在外源电子 + 光下实现 CO₂ 固定,能量转化效率 9.3%;R. palustris 经删除固氮酶后以 CO₂ 产 n-丁醇 0.91 mg/L(首个太阳能板供电的 MES 平台),过表达 RuBisCO I/II 型使 PHA 产量提高至多 五倍。
- 放大瓶颈集中在四处:EET 效率与可用宿主太少(目前主要限于大肠杆菌、S. oneidensis、C. necator 与 Clostridium 属,如具备 CO₂ 固定能力的 Sporomusa ovata 至今未有工程改造菌株用于 MES)、底物利用范围有限(需与电催化等非生物过程做杂合,或用微生物菌群分工)、电极生物膜稳定性与贵金属电极成本(已出现咖啡渣、茶叶等废弃物衍生生物阴极)、以及阳极电解产氧对阴极反应与厌氧 EAM 存活的干扰。
研究背景与要解决的问题
化学品与能源需求持续增长,而对化石资源的依赖同时带来污染与气候问题,这推动了符合循环生物经济原则的新技术探索。微生物电合成(microbial electrosynthesis, MES)是其中一条被看好的路线:它把电化学与生物学整合,借助电活性微生物(electroactive microorganisms, EAMs)独特的胞外电子传递(extracellular electron transfer, EET)能力,为细胞提供电子汇或电子供给,理想情形下由太阳能、风能等绿电驱动,把废弃物衍生原料转化为高值化学品与燃料。
问题的起点是一个具体的代谢障碍。合成生物学已经能让工程菌利用多种可再生原料,但代谢路径的效率常常受制于氧化还原辅因子平衡不足——反应需要的还原当量供不上。MES 给出的解法是用外加电势维持这些反应的最佳氧化还原条件,从而强化生物合成路径。反过来,把 EAM 的 EET 机制搞清楚之后,合成生物学又可以给非电活性微生物装上电子传递装置,把 MES 的适用范围拓宽。
作者同时指出既有综述的空白:此前的 MES 综述多聚焦于野生型微生物的应用与生物过程设计,很少讨论合成生物学与 MES 的整合如何提升工程化微生物细胞工厂的性能。本文因此把重点放在“合成生物学赋能的 MES”,围绕废弃原料利用与碳捕集两条主线展开,并讨论放大挑战与未来方向。
机制框架:DET 与 IET,以及两条工程化路线
EAM 之所以演化出电活性,是作为在传统产能与营养获取方式受限环境中的适应策略:把电子传给或取自胞外基质,从而在恶劣条件下完成呼吸与产能。EET 有两大类机制。
- 直接电子传递(DET):借助导电菌毛、纳米线与孔蛋白—细胞色素复合体,让电子在电极与细胞之间直接流动。代表菌为 Geobacter sulfurreducens 与 Shewanella oneidensis。
- 间接电子传递(IET):以 H₂、黄素、吩嗪等氧化还原活性小分子作为电子穿梭体完成传递。
- 两类机制可以协同:微生物菌群内的种间电子传递支撑互营生长即是一例。在光合型 EAM 中,IET 还被证明能与天然光系统耦合,在富光环境下利用外源电子实现高效代谢。
核心内容:废弃有机底物增值与碳捕集两条主线
MES 的价值在于扩展可用碳底物的范围:让有机废弃物与工业排放 CO₂ 这类可再生原料被高效利用,而不与粮食资源竞争。综述把成果分为两组。
第一组:废弃有机底物。 天然 EAM 被装入合成代谢路径,以利用其固有的 DET 机制提高生化品产量。S. oneidensis 被改造为由乳酸产异丁醇,并配合电控系统调节氧化还原平衡——这展示了 MES 与合成生物学开发的调控系统耦合后生产生物燃料的潜力;同一菌株还被改造为由甘油(油脂化工行业的大宗副产物,该菌并不天然同化)经 MES 生产 (R)-乙偶姻,属于用合成生物学为 MES 拓宽底物范围。表达 S. oneidensis 的 DET 相关蛋白并搭载短支链醇合成酶的大肠杆菌,则在缺氧条件下利用甘油生产异丁醇与 3-甲基丁醇。IET 一侧的情况略有反差:虽然过量生产黄素、吩嗪等天然介体已有实现,但这些工程菌大多用于发电而非 MES;实际 MES 中更常见的是外加合成介体——中性红(NR)与 2-羟基-1,4-萘醌(HNQ),推测原因是它们与生物合成路径工程更易并行实施。即便宿主本身没有内源 EET 能力,这些氧化还原活性分子也能介导 EET 并再生 NAD(P)⁺/NAD(P)H。
| 微生物 | EET 模式 | 关键工程策略 | 底物 | 产物 | 关键结果 |
|---|---|---|---|---|---|
| Shewanella oneidensis | DET | 两阶段电发酵;电调控 CRISPRi 抑制路径 | 乳酸 | 异丁醇 | 生长与合成阶段用不同电压;以 NADH 生物传感器导流还原当量并用 CRISPRi 抑制副产物路径,异丁醇滴度 1321.5 mg/L(理论产率的 94.9%) |
| Shewanella oneidensis | DET | 构建甘油利用与 (R)-乙偶姻合成路径 | 甘油 | (R)-乙偶姻 | 把该菌底物范围扩展到甘油,(R)-乙偶姻达 313.61 mg/L |
| Escherichia coli | DET | 异源表达 S. oneidensis 电子传递蛋白 + 异丁醇/3-甲基丁醇合成路径 | 甘油 | 异丁醇、3-甲基丁醇 | 强化缺氧甘油利用,两者合计 232 mg/L,比用葡萄糖高 25% |
| Escherichia coli | IET(中性红与 HNQ 介导) | 改造甘油还原路径产 1,3-丙二醇与 3-羟基丙酸 | 甘油 | 1,3-PDO、3-HP | 负电位下 1,3-PDO 提高 2.5 倍至 15.5 mM;正电位下可产 3-HP 10.9 mM |
| Rhodopseudomonas palustris | DET | 构建 n-丁醇合成路径;删除固氮酶 | CO₂ | n-丁醇 | 以 CO₂、电与光产 0.91 mg/L n-丁醇;首个太阳能板供电的 MES 平台 |
| Rhodopseudomonas palustris | DET | 过表达 I 型与 II 型 RuBisCO 以提高 CO₂ 固定 | CO₂ | 聚羟基脂肪酸酯(PHA) | PHA 产量提高至多五倍;工程 RuBisCO 菌株在非固氮条件下电子摄取增加 |
| Yarrowia lipolytica | IET(中性红介导) | 表达 AckA 与 Pta 提高乙酰-CoA;表达脂肪醇、羽扇豆醇、白桦脂酸路径 | 乙酸、葡萄糖 | 脂肪醇、羽扇豆醇、白桦脂酸 | MES 强化 NADPH 再生驱动乙酸利用,脂肪醇产量提高 6.17 倍;首次在该菌中实现 MES |
| Synechocystis sp. PCC 6803 | DET | 失活光系统 II;表达异源乙烯形成酶 | CO₂、HCO₃⁻ | 乙酸、乙烯 | 外源电子与光使 CO₂ 固定的能量转化效率达 9.3%;实现由 CO₂ 产乙酸与乙烯 |
| Cupriavidus necator | IET(H₂ 介导) | 表达异源甲羟戊酸路径与 α-葎草烯合酶 | H₂、CO₂ | α-葎草烯 | 经 MES 产 10.8 mg/L α-葎草烯;首例由 CO₂ 电自养生产萜类 |
| Cupriavidus necator | IET(H₂ 介导) | 表达番茄红素路径 | H₂、CO₂ | 番茄红素 | 以电厂尾气 CO₂ 产 1.73 mg/L 番茄红素 |
| Cupriavidus necator | DET 与 IET(黄素介导) | 表达 S. oneidensis MtrCAB 电子导管蛋白与 Gloeobacter violaceus 视紫红质;过表达天然碳酸酐酶 | CO₂ | 生物量 | 构建人工光电化学微生物体系,把 CO₂ 导入中心代谢 |
表中两个案例值得单独说明。产油酵母 Yarrowia lipolytica 被改造为以乙酸(固体有机废物厌氧消化产生的可再生碳源)生产脂肪醇:中性红介导的 MES 提高了 NAD(P)H 水平,驱动依赖 NAD(P)H 的脂肪酸与脂肪醇合成路径消耗乙酸,产量提升 6.17 倍。大肠杆菌由甘油产 1,3-丙二醇与 3-羟基丙酸的工作则把 NR(阴极)与 HNQ(阳极)配对使用以强化 EET,不仅提高了甘油同化与这两种高值塑料单体的产率,还能通过调节电位来调整产物选择性——负电位偏向 1,3-PDO,正电位则打开 3-HP 的生成。
第二组:碳捕集。 氢介导的 CO₂ 固定在氢氧化微生物中经由 Wood–Ljungdahl 与 Calvin–Benson–Bassham(CBB)循环已相当成熟:氢化酶把 H₂ 氧化为 H⁺ 并释出电子,供 CO₂ 同化进入中心代谢。在装有萜类路径的 Cupriavidus necator 体系中施加电势,培养液中由 H₂O 原位生成的 H₂ 以及氢化酶催化产生的 H⁺ 共同介导 IET,再生还原当量并促进 CO₂ 同化,最终把 CO₂ 转化为番茄红素与 α-葎草烯这类高值萜类,构成了“以工程化氢氧化微生物做 MES 辅助 CO₂ 固定”的可推广范式。不产氧光合微生物(R. palustris、PSII 缺失蓝细菌)走的是另一条路:把 EET 接到 PSI 驱动的电子传递链上,用外源电子提高 CO₂ 固定速率,同时因不产 O₂ 而消除了与 CO₂ 固定竞争的 O₂ 固定反应。这类光合 MES 体系已与代谢工程手段结合——删除耗电子路径、过表达 RuBisCO——产出 n-丁醇、氨基酸与 PHA。
放大瓶颈与未来方向
尽管合成生物学已把 MES 的原料范围与产物复杂度都推宽,产物滴度与体积产率仍远低于通常视为商业可行的门槛——100 g/L 与 2.5 g/L/天。作者把挑战归为三层。
- EET 效率与宿主多样性:天然 EET 装置在自然环境中有效,但放到工程化 MES 生产体系里会遇到放大性与路径特异性的限制。目前 MES 主要实现于少数原核生物——大肠杆菌、S. oneidensis、C. necator 与 Clostridium 属。原因之一是缺少改造 EAM 的工具:例如具备 CO₂ 固定能力、很适合做 MES 碳捕集的 Sporomusa ovata,虽已被用于 MES,却至今没有经过基因工程改造的菌株投入使用;不过其遗传工具的新近开发有望改变这一点。另一方面,用于在 EAM 中实现基因表达精确电化学调控的工具箱已经出现,展示了合成生物学如何为 MES 提供自主的代谢调控。
- 底物利用:EAM 的底物谱可能不够宽,或同化碳源的效率不足。杂合“非生物—生物”体系显示了潜力:通过电催化 CO₂ 转化获得可调组成的合成气以提升微生物合成气发酵产中链脂肪酸的性能;把 CO₂ 电催化转化为乙酸与乙醇,供工程大肠杆菌利用这两种 C2 底物生产 L-酪氨酸;实现电辅助氮回收,使废碳与废氮源在 MES 中被同步代谢;以及把 S. ovata 与可光激发的硫化镉纳米颗粒耦合,构建光电子驱动 MES 强化 CO₂ 同化的人工光合体系。此外,微生物菌群分工已被用于 MES 同时把食物废弃物与 CO₂ 增值为挥发性脂肪酸,未来需要弄清菌群内各成员的角色,并用合成生物学优化电活性与非电活性物种之间的协作。
- 生物过程与硬件:电极表面稳定生物膜的形成是持续电子传递与高效生产的前提,已有做法是补加 N-己酰-L-高丝氨酸内酯(C6HSL)等群体感应分子来增强生物膜稳定性、提高产率并保证 EET 一致,但外源群体感应分子昂贵,未来可用合成生物学手段更经济地调控生物膜形成。铂等贵金属大面积电极推高了反应器成本,因此出现了以咖啡渣、茶叶等废弃物制成的生物阴极,兼顾降本与微生物兼容性。还有一个绕不开的问题:MES 过程中阳极电解产生的氧会损害阴极反应并影响厌氧 EAM 的存活,虽可用专门装置与膜来规避,但这些方案在工业规模上是否经济有效仍不确定。
工程与产业含义:与光合细菌产蛋白路线的横向比较
把 MES 放在“废水/废弃物 → 高值产品”的大框架里,与光合细菌(紫色非硫细菌)产单细胞蛋白路线做对照,差异集中在四个维度。
对做光合细菌产蛋白的团队来说,这篇综述里有三条可直接借用的思路。第一,电位作为一个新的调控旋钮:既能在两阶段过程中分别为生长与合成设定不同电压,也能通过正/负电位切换来改变产物选择性;这与在光照侧做频率与占空比调控在方法论上是同类操作——都是在不改变底物的前提下改写胞内氧化还原状态。第二,过表达 RuBisCO 提升 CO₂ 固定继而提高产物(PHA 提高至多五倍) 这一结果,提示紫色非硫细菌的 Calvin 循环容量本身是可工程化的杠杆,而 Calvin 循环恰是这类菌在厌氧受光条件下的主要排电子途径。第三,废弃物衍生电极材料(咖啡渣、茶叶)与群体感应调控生物膜 的思路,可迁移到光合细菌生物膜反应器的载体选择与生物膜稳定性管理上。
反向的启示同样存在:MES 面临的“阳极产氧损害厌氧 EAM”问题,与光合细菌体系中“氧抑制光营养代谢、好氧异养菌抢底物”的问题是同一类矛盾;而 MES 引入微生物菌群分工来拓宽底物谱的做法,与光合细菌工艺中依赖发酵菌先把复杂有机物转成挥发性脂肪酸、再由光合细菌吸收的共生结构,在系统设计逻辑上是相通的。作者最后的判断是:MES 代表了可持续化学品生产与碳捕集的一种变革性方法,依靠跨学科协作与技术创新,有望为二十一世纪的环境与能源挑战提供可行方案——但这一判断是关于潜力的,不是关于当前产能的。
适用场景
- 为“废弃物/CO₂ → 高值化学品”技术路线做横向比选时,用作 MES 侧的证据汇总,特别是表 1 的宿主—EET 模式—底物—产物对应关系。
- 寻找可迁移到光合细菌体系的工程手段:电位作为调控变量、两阶段(生长/合成)分离、CRISPRi 抑制副产物路径、过表达 RuBisCO 提升 CO₂ 固定、群体感应分子稳定生物膜、废弃物衍生电极/载体材料。
- 评估以乳酸、甘油、乙酸、合成气、电厂尾气 CO₂ 为原料的生物制造项目时,作为可行性与产物谱的初步依据。
- 撰写不产氧光合微生物(紫色非硫细菌、PSII 缺失蓝细菌)与电化学耦合方向的研究综述或立项论证时,作为机制框架与文献入口。
不适用 / 需谨慎的场景
- 不能作为工艺放大或经济性测算的参数来源——没有反应器尺度、电流密度、能耗、单位产品成本等工程数据。
- 不能用于论证 MES 在能量效率上优于或劣于光合细菌/微藻路线,综述未提供可比的能量核算。
- 不能把表 1 中不同案例的滴度当作同一体系的性能梯度,尤其不能把有机底物路线与 CO₂ 路线的数字并列排名。
- 不涉及单细胞蛋白的营养学、饲用安全与法规合规问题,产蛋白应用的可行性判断不能依赖本文。
局限与不确定性
- mini-review 体裁,无作者原创实验数据;所有滴度、倍数、效率均为对被引研究的转述,条件(电位、介体、底物、构型)不一,不能横向直接比较。
- 作者自陈 MES 的产物滴度与体积产率远低于 100 g/L 与 2.5 g/L/天 的商业门槛,且该门槛本身也引自文献而非本文测算。
- 适用宿主高度受限:MES 主要实现于大肠杆菌、S. oneidensis、C. necator 与 Clostridium 属;具 CO₂ 固定能力的 Sporomusa ovata 至今未有工程改造菌株用于 MES。
- 阳极电解产氧对阴极反应与厌氧电活性微生物存活的干扰虽有专用装置与膜可规避,但作者明确指出这些方案在工业规模上的经济性与有效性仍不确定;大面积贵金属电极的成本问题同样未解。
- 综述未提供任何技术经济分析、生命周期评价或能量效率的系统比较(唯一的效率数字是 PSII 失活蓝细菌的 9.3% 能量转化效率),因此不能据此判断 MES 与光合细菌、微藻等路线的能耗优劣。
数据 · 代码 · 经费 · 利益冲突
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图片来源:开放获取论文,采用 CC BY-NC-ND 4.0 许可(http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/),可在署名、非商业、不作演绎的前提下引用与转载;原文 Fig. 1–3 由 Biorender.com 绘制,来源见 DOI: 10.1016/j.biotno.2025.05.001。